La Diócesis de San Vicente del Caguán es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Colombia, con sede en el municipio del mismo nombre. Fue elevada a diócesis por el papa Francisco el 30 de mayo de 2019; hasta ese momento era vicariato apostólico. Actualmente hace parte de la Provincia Eclesiástica de la Arquidiócesis de Florencia, habiendo sido previamente, una diócesis sufragánea de Ibagué.

Desde los inicios del siglo XX San Vicente del Caguán fue parte del inmenso territorio de la amazonía colombiana, confiado en 1896 al cuidado pastoral de los misioneros capuchinos el cual comprendía los actuales departamentos del Caquetá, Putumayo y Amazonas.

En 1951 fue creado el Vicariato Apostólico de Florencia, abarcando como jurisdicción todo el Caquetá y la zona de Puerto Leguizamo en el Putumayo. La nueva Jurisdicción fue encomendada a los Misioneros de la Consolata.

El 9 de diciembre de 1985, el papa Juan Pablo II erige el Vicariato Apostólico de San Vicente-Puerto Leguizamo, con territorio desmembrado del Vicariato Apostólico de Florencia, que fue elevado a Diócesis en esa misma fecha.

El 17 de octubre de 1986 es nombrado y toma posesión como primer vicario apostólico, monseñor Luis Augusto Castro Quiroga, misionero de la Consolata, quien estuvo al frente del vicariato por más de 11 años, dio vida e impulsó la nueva Jurisdicción acompañado por un importante equipo eclesial conformado por los misioneros y misioneras de la Consolata, religiosos y religiosas de diversas comunidades, sacerdotes diocesanos y un número significativo de laicos voluntarios.

Durante el gobierno de Mons. Castro Quiroga se fortaleció la tarea evangelizadora, organizó las estructuras tanto de formación y capacitación como de funcionamiento y administración, creando nuevas parroquias y abriendo obras como el Seminario Menor Juan Pablo II, la Ciudadela Juvenil Amazónica Don Bosco, el Instituto para la Educación Rural Francisco de Asís entre otras.

El 14 de marzo de 1998 Mons. Castro fue nombrado arzobispo de Tunja y en febrero de 1999 llega Mons. Francisco Javier Múnera Correa, también misionero de la Consolata, quien continua el pastoreo de esta Iglesia particular junto con clérigos y laicos. 

El 21 de febrero de 2013 cedió una porción de territorio a favor de la erección del vicariato apostólico de Puerto Leguízamo-Solano.

El 30 de mayo de 2019, el papa Francisco la elevó a diócesis, con la misma denominación y configuración territorial haciéndola sufragánea de la sede metropolitana de Ibagué y nombró como primer obispo de esta sede a Mons. Múnera. El 10 de agosto de este mismo año tomó posesión en esta nueva diócesis. 

El 13 de junio de 2019, el papa Francisco elevó a la diócesis de Florencia a la dignidad de Arquidiócesis Metropolitana, por lo cual la diócesis de San Vicente del Caguán pasó a hacer parte de esta Provincia eclesiástica.

El 25 de marzo de 2021, el Papa Francisco nombra a Mons. Múnera como arzobispo de la Arquidiócesis de Cartagena, tomando posesión de la sede el 22 de mayo de 2021. 

Desde mayo de 2021 Mons. Omar de Jesús Mejía Giraldo, arzobispo de Florencia, asumió también el cargo de Administrador Apostólico de la Diócesis de San Vicente del Caguán. 

El 5 de mayo de 2024, el Papa Francisco nombró al sacerdote William Prieto, de la Arquidiócesis de Villavicencio, como nuevo obispo de esta Diócesis. Monseñor Prieto recibió la ordenación episcopal, en la Catedral de Villavicencio, el 25 de septiembre del mismo año, de manos de Monseñor Paolo Rudelli, Nuncio Apostólico en Colombia.  Tomó posesión canónica de la sede asignada el 2 de Octubre de 2024.