La Prefectura Apostólica de Guapi, integrada por los municipios de Guapi, López y Timbiquí, fue creada en 1954 por el Papa Pío XII desmembrándola de la iglesia particular de Tumaco.

La misión fue encomendada a la Orden de Frailes Menores (padres franciscanos). Fue nombrado primer Prefecto Apostólico Monseñor José de Jesús Arango. Con él se inició una importante etapa de evangelización, formación cristiana y de impulso a obras de desarrollo en todos los municipios de la costa caucana en el Pacífico.