Desde el año 1893 la “Custodia Capuchina” extendió su acción pastoral a los indígenas del Putumayo, Caquetá y Amazonas, por invitación de Monseñor Manuel Caicedo, Obispo de Pasto.

En 1904 se confió la evangelización de este territorio a los Frailes Menores Capuchinos. Asumió la responsabilidad evangelizadora la Provincia Capuchina de Cataluña y Baleares que atendió la PREFECTURA DE CAQUETÁ, PUTUMAYO Y LAS AMAZONAS.

El 8 de febrero de 1951 el antiguo Vicariato de Caquetá y Putumayo, fue dividido en tres entidades eclesiásticas, así:

1. Vicariato Apostólico de Florencia.
2. Vicariato Apostólico de Sibundoy.
3. Prefectura Apostólica de Leticia, que fue encomendada al cuidado de los Frailes Capuchinos de la Provincia de Cataluña.

El 11 de enero de 1952 el Papa Pío XII nombró a Monseñor Marceliano Eduardo Canyes Santacana como primer Prefecto Apostólico de Leticia y tomó posesión el 2 de marzo del mismo año. Estuvo al frente de esta Iglesia hasta el 17 de abril de 1989, fecha en la que fue aceptada su renuncia. Monseñor murió en Leticia el 10 de mayo de 1989. 

“La Congregación para la Evangelización de los Pueblos, con Decreto N. 1223/89 del 4 de Marzo de 1.989, según el Artículo 89 de la Constitución Apostólica “Pastor Bonus” ha encomendado, “ius commissionis”, la Prefectura Apostólica de Leticia a la Diócesis de Santa Rosa de Osos, con el oportuno y explícito consentimiento del Ordinario de esta, S. E. Mons. Joaquín García Ordóñez y para proveer al gobierno de la Prefectura Apostólica de Leticia, vacante por renuncia presentada, en conformidad con el Cán. 401,1 del C.I.C., por el Rv.mo P. Marceliano Eduardo Canyes Santacana, OFM Cap., la Sede Apostólica designó, también en fecha 4 de marzo 1.989, Prefecto Apostólico de la misma circunscripción eclesiástica al Rv.mo Monseñor Alfonso Yepes Rojo, del clero diocesano de Santa Rosa de Osos”.

El 7 de mayo se posesiona Monseñor Luis Alfonso Yepes Rojo, como segundo Prefecto Apostólico. Estando Monseñor en visita Apostólica a la Estación Misional de la Pedrera, viajando entre Villa Betancur y la Pedrera, el 21 de mayo de 1.990 en naufragio, mueren ahogados el Padre Jorge Humberto Cárdenas Montoya y el Prefecto Apostólico.

El 2 de julio de 1990 el Padre Leonardo Retrepo Jaramillo es nombrado como administrador apostólico del Vicariato por decreto de la Sagrada Congregación para la Evangelización de los pueblos. Y tomó posesión del cargo el 15 de julio del mismo año, ejerce dicho cargo hasta el 27 de agosto de 1998 cuando se posesiona el Tercer Prefecto Monseñor William Ruiz Velásquez.

El 23 de octubre del año 2000 el Santo Padre eleva la Prefectura a Vicariato y en la misma fecha nombra a Monseñor José de Jesús Quintero Díaz, hasta ese momento obispo de Tibú, como Primer Vicario Apostólico de Leticia. El 7 de abril de 2001, el Señor Nuncio Apostólico Monseñor Beniamino Stella proclama la erección canónica y da posesión a su primer Vicario Apostólico.

El 4 de diciembre de 2025, el Papa León XIV nombró al padre John Mario Mesa Palacio, sacerdote de la Diócesis de Santa Rosa de Osos, como nuevo Vicario Apostólico de Leticia. El padre Mesa, quien desde enero de 2025 se desempeñaba como Director del Departamento de Lugares Eclesiales para la Vivencia de la Comunión de la Conferencia Episcopal de Colombia (CEC), había sido también designado por los obispos como animador del Equipo Sinodal Nacional. Sucede en el cargo a monseñor José de Jesús Quintero Díaz, quien desde el año 2001 venía pastoreando el Vicariato. 

El 24 de febrero de 2026, en la Basílica menor de Nuestra Señora de las Misericordias de la Diócesis de Santa Rosa de Osos, recibió la consagración episcopal Monseñor John Mario Mesa Palacio. La Eucaristía fue presidida por monseñor Mario de Jesús Álvarez, obispo de Istmina-Tadó, consagrante principal de la ordenación, y concelebrada por 22 obispos provenientes de diversas jurisdicciones del país. 

La Iglesia que peregrina en la Amazonía colombiana vivió el 4 de marzo un momento significativo con la posesión canónica de monseñor John Mario Mesa Palacio como Vicario Apostólico de Leticia, durante una solemne Eucaristía celebrada en la Catedral Nuestra Señora de la Paz, en la capital del departamento del Amazonas. La celebración fue presidida por el Nuncio Apostólico en Colombia, monseñor Paolo Rudelli, quien, en nombre del Papa León XIV, acompañó el inicio del ministerio pastoral del nuevo vicario apostólico en esta jurisdicción misionera de la Iglesia en Colombia.